בהתאם להוראות סעיף 9(ב) לחוק מיסוי מקרקעין, בפעולה באיגוד מקרקעין יהיה הרוכש חייב במס רכישה. יובהר, כי שיטת החיוב שאומצה בסעיף 9 (ב) לחוק נועדה לקרב ככל שניתן את המיסוי של פעולה באיגוד מקרקעין למיסוי שהיה חל אילו נכסי המקרקעין בידי האיגוד – נכסי הבסיס – היו נרכשים במישרין על ידי היחיד.

כאשר הנכס היחיד של איגוד הוא זכויות חכירה לתקופה העולה על עשרים וחמש שנים, האיגוד ייחשב איגוד מקרקעין ועל כן העברתן של זכויות באיגוד עצמו, למשל מכירת מניות בו, תיחשב ל"פעולה באיגוד" עליה מוטל מס רכישה.